Византийска епоха

През 14-ти век, около 1341-1346, Абдера, византийската вече Полистилон, както всички тракийски градове е запозната с последиците от гражданската война, която избухва между Анна Палеологина, вдовица на император Андроник III и Йоан Кантакузин, докато османците са точно зад ъгъла на империята. Облаци от братоубийствената война, белязани от нечестиви "съюзи" се сгъстяват в района и скоро ще следват годините на османското владичество. Полистилон се посещава през 1342година от Йоан Кантакузин, който е бил на път за Сърбия, за да потърси съюзници. Кантакузин го снабдява с жито и поставя гарнизон в крепостта, крепост както той сам посочва "крайбрежен град." През същата година, в 1342, имперския флот, под адмиралството на дюк Апокавк, отявлен враг на Кантакузин, акустира в пристанището на Абдера / Полистилон, а през следващата година, в 1343, закотвен в Абдера, е флота на емира Айдън Омур Бей, който пристига за да помогне на своя съюзник, Кантакузин. На снимката, първият щит е на Палеолог, с монограм на двуглав орел в средата, а втория на рода на Кантакузин. От 1343 до1345, околността е в ръцете на бандита от Родопите, българинът Момчил Войвода, който окупира Ксантиа, днес Ксанти и става временно доминиращ на целия регион. Той е бил съюзник на Анна Палеологина. Полистилон, по онова време, е бил укрепен, морски град, който е бил свързан с тракийската суша, чрез два пътя: единия, от които е северозападен, водещ до Ксантия, а другия североизточен, който води до Перитеорион или Анастасиополис, северно от езерото Вистонида, който след това става воден на северната страна. Следват годините на Османското владичество и крайбрежието на града Полистилон е изоставено за да се изправи, постепенно, като пост-византийско селище на около пет километра на север, на мястото на сегашното, модерно селище на Абдера.